En el escenario de las elecciones de diputados a Cortes de 1891, los republicanos almerienses desarrollaron una amplia actividad con el fin de que Salmerón fuera elegido por Almería. Destacan las intervenciones públicas realizadas por don Nicolás en la capital. En ellas, centró su mensaje en tres puntos: la identificación de la república con las transformaciones sociales, la necesidad de ejercer y dignificar el sufragio universal y la conveniencia de unir España y Portugal bajo la fórmula republicana. Su intervención en la plaza de Toros de Almería reunió a más de doce mil personas. También en Alhama intervino en actos públicos. Sin embargo, pese a vencer en la capital y en algunos pueblos, es el caso de su pueblo, Alhama -donde obtuvo 903 votos-, no consiguió la elección.

En el nuevo siglo, coincidiendo con unas vacaciones en el verano de 1901, la casa de Salmerón en Alhama se convirtió en el centro de "peregrinación" de los republicanos de la capital, entonces inmersos en una crisis interna. El año 1902 supuso el fortalecimiento de las nuevas tendencias republicanas con la configuración de la Unión Republicana alménense en torno a Salmerón. Un especial papel jugó en este proceso El Radical, diario fundado y dirigido Pepe Jesús García, relevante personalidad del republicanismo alménense en estas fechas. El apoyo de Salmerón a este partido quedó patente en el mitin celebrado en el Teatro Variedades el 28 de septiembre de ese año 1902. Este mitin tuvo un amplio reflejo a nivel nacional, lo que propició la unión de las distintas tendencias republicanas cristalizadas en marzo de 1903, nombrándose a Salmerón como el presidente del nuevo partido. El republicanismo almeriense se mantuvo sin fisuras hasta la muerte de su líder.